Мультфильм рассказывает о конфликте между Тони Старком и Эзекилем Стэйном, сыном Обадайи Стейна (Железный Торговец), который изобрел новую биотехнологию, превосходящую костюм Железного Человека. После того, как Стэйн организует террористическую атаку и обвиняет в этом Тони Старка, последнему предстоит найти способ очистить свое имя.