События происходят через много лет после событий, описанных в первом фильме. Журналист Стенли Маус хочет найти известное по легендам древнее племя котов, затерянное в Африке. Он находит их, и мышиная цивилизация оказывается под угрозой. Специальный агент Ник Грабовский снова должен будет спасти мир…