В этой истории речь пойдет об алхимиках. Алхимия – это наука, которая на самом деле в буквальном смысле позволяет добиться того, что делает сам бог. Они в какой-то момент заходят действительно очень далеко, ведь государственные алхимики наделены невероятной властью. В результате всего этого появляется таинственная фигура, которая готова наказать этих людей за грехи перед богом. Братья Альфонс и Эдвард, на самом деле одни из самых сильных алхимиков. Они еще никогда не сталкивались с таким сильным оппонентом — в этом сиквеле к первому полнометражному фильму им противостоит серийный убийца с большим шрамом на лбу.