Армия машин продолжает бурить тоннели к Зиону. Уже через несколько часов они наводнят население последнего города Земли и положат конец существованию человеческого вида. Тем временем Нео застрял меж Матрицей и реальным миром, на вокзале, принадлежащем коварному Меровингину. Тринити и Морфеус предпринимают успешную попытку его освобождения и теперь всем необходимо быстро сделать правильный выбор следующего действия. В поисках ответа на свои вопросы Нео посещает прорицательницу Пифию, но так и не может найти выход. Катастрофа становится неизбежной. Несмотря на мощные оборонные системы Зиона и геройский настрой всего населения, гибель последнего оплота человечества становится неизбежной и лишь только Избранный может найти способ остановить безжалостное истребление человеческой расы.