Сюжет развивается в ближайшем будущем в Токио. Террористическая организация объявила войну всему миру. Она владеет более продвинутыми технологиями, чем любые правительства и оккупировала более половины планеты. Доктор Козабуро Намбу из Международной научной организации собирает вместе пять супергероев ниндзя, известных под общим названием «Гатчамен», чтобы остановить эту организацию…