Действие происходит в далеком будущем, когда после глобальной катастрофы погибло практически все население Земли. Оставшиеся люди живут в защищенном городе-государстве, управляемом советом ученых.
Красавица Эон Флакс - лучший агент подпольной повстанческой организации "Моника". Ее возможности, также как мотивы и действия, за пределами объяснимого. Когда Флакс посылают убить президента, она открывает для себя целый мир тайн и секретов.